Juanjo Mena va començar la seva carrera com a director artístic de l’Orquestra Simfònica de Bilbao. Ha estat director principal de la Filharmònica de Bergen; director principal convidat de l’Orquestra del Teatre Carlo Felice a Gènova; director associat de l’Orquestra Nacional d’Espanya; director titular de l’Orquestra Filharmònica de la BBC, a la qual va portar a gires per Europa i Àsia i va dirigir en concerts dels BBC Proms, i ha estat director del May Festival de Cincinnati.
Ha dirigit les formacions més prestigioses d’Europa i l’Amèrica del Nord, incloses les filharmòniques de Berlín, Londres, Oslo, Nova York i Los Angeles, i les simfòniques de Boston, Chicago, Cincinnati, Montreal, Pittsburgh i Toronto. A Àsia és director convidat habitual de l’Orquestra Simfònica de l’NHK i treballa sovint amb les principals orquestres espanyoles.
El setembre del 2022 va dirigir l’orquestra del Teatro Real en el seu històric debut al Carnegie Hall, a Nova York. Els seus projectes recents i futurs inclouen compromisos amb la Filharmònica de Nova York, l’Orquestra Simfònica de Dallas, l’Orquestra Simfònica de Baltimore, l’Orquestra Gürzenich de Colònia i l’Orquestra Simfònica de l’NHK. Torna a Europa per dirigir l’Orquestra Filharmònica de Berlín, l’Orquestra Nacional d’Espanya, l’Orquestra Simfònica de Barcelona i Nacional de Catalunya, l’Orquestra Simfònica de Madrid, l’Orquestra Filharmònica della Fenice i l’Orquestra Simfònica d’Islàndia, entre d’altres.
Com a director d’òpera ha abordat grans obres del repertori romàntic, com ara Der fliegende Holländer (L’holandès errant), Salome, Elektra, Ariadne auf Naxos, Duke Bluebeard’s Castle o Erwartung (L’espera), i produccions com Eugene Onegin a Gènova, La vida breve a Madrid, Les noces de Fígaro a Lausana, i Billy Budd i Fidelio a Bilbao.
Juanjo Mena va estudiar direcció amb Sergiu Celibidache després de la seva formació musical al Reial Conservatori Superior de Madrid, on va tenir Carmelo Bernaola i Enrique García Asensio com a mentors. El 2016 va ser guardonat amb el Premi Nacional de Música d’Espanya. Viu amb la seva família al seu País Basc natal.