Juanjo Mena va començar la seva carrera com a director artístic de l’Orquestra Simfònica de Bilbao el 1999. Ha estat Director Principal Convidat de la Filharmònica de Bergen i de l’Orquestra del Teatre Carlo Felice. El 2011 va ser nomenat Director Titular de la BBC Philharmonic, amb qui ha girat per Europa i Àsia i ha actuat al Royal Albert Hall, com a part dels BBC Proms. Actualment és Director Titular del May Festival de Cincinnati.
Juanjo Mena ha dirigit les formacions més prestigioses d’Europa, incloses la Filharmònica de Berlín, l’Orquestra de la Ràdio de Baviera, l’Orquestra Gewandhaus de Leipzig, la Filharmònica de Londres, la Filharmònica d’Oslo, l’Orquestra Simfònica Nacional Danesa, la Tonhalle Orchester Zürich, l’Orquestra Simfònica de Bamberg o la Filharmònica de Dresden. Treballa assíduament amb les principals orquestres d’Espanya.
Després del seu debut a Amèrica del Nord amb la Simfònica de Baltimore el 2004, ha dirigit la majoria de les principals orquestres del continent, com les simfòniques de Boston, Chicago, Cincinnati, Montreal, Pittsburgh i Toronto, filharmòniques de Nova York i Los Angeles, les Orquestres de Cleveland, Filadèlfia i Minnesota, i la Simfònica Nacional, Washington. A Àsia, és un director convidat habitual de la NHK Symphony Orchestra a Tòquio.
El passat mes de setembre del 2022 va dirigir l’Orquestra del Teatro Real en el seu històric debut al Carnegie Hall, Nova York. Recents i propers compromisos inclouen, entre d’altres, projectes amb l’Orquestra de Minnesota, la Simfònica de Lucerna, l’Orquestra Simfònica Nacional Danesa i l’Orquestra Filharmònica d’Oslo.
L’últim treball discogràfic de Juanjo Mena és l’enregistrament de la Simfonia n. 6 de Bruckner al costat de la BBC Philharmonic, amb el segell Chandos. L’extensa discografia de Mena amb la BBC Philharmonic també inclou un aclamat llançament de Gabriel Pierné, que va ser seleccionat com a Gramophone Editor’s Choice, així com nous enregistraments de referència d’un repertori espanyol en gran part poc conegut.
El 2016 Juanjo Mena va ser guardonat amb el Premi Nacional de Música.